菲利浦二世時期 (Felipe II )

Felipe II (1556-1589)亦不斷購入提香的作品，例如提香的《自畫像》、《黛娜耶與黃金雨》(Danaë)、《維納斯與美少年》(Venus y Adonis)等傑作即是在他統治期間納入收藏。Felipe II的趣味比父親Carlos I的範圍更為廣泛，他還一度熱中於波希的怪異作品，並買下著名的《歡樂三連圖》。此外，普拉多美術館中所收藏的摩羅(Anthonis Mor)、盧伊尼(Bernardino Luini)、康特(G. del Conte)等人的作品，也都在這一時期購入。

菲利浦三世和菲利浦四世時期 ( Felipe III y Felipe IV )

在Felipe III (1598-1621)統治時期，收藏品雖然增加不多，但有名畫家El Greco等人來到西班牙，同時在典藏品的明細中又增加了提香的《維納斯、邱比特和風琴師》等作品，捐贈者正是他的親戚皇帝魯道夫二世(Rudolph II)。接下來繼位的Felipe IV (1621-1665)雖然缺乏政治才華，但他卻是西班牙史上最大的收藏家，普拉多美術館的重要性泰半是由他建立起來的。

英國發生克倫威爾革命，導致Carlos I的收藏精品四處分散，Felipe IV幸運地買到大批的傑作，包括曼帖那的《聖母之死》、拉斐爾的《聖家族》(La Familia Sagrada)、杜勒(Dürer)的《自畫像》(Autorretrato)，以及提香、維隆尼斯、丁多列托的作品等都在此時納入皇室的收藏。除此之外，Felipe IV還購入好幾件拉斐爾的作品，並得到一些重要的饋贈，例如現存於美術館中的羅馬時代胸像、提香的名畫《酒神祭》(Bacchanal)和《獻給維納斯的禮物》、吉爾喬尼的《聖母子像與二聖人》、科雷吉歐的《不要摸我》(No me toques)、杜勒的《夏娃》(Eva)等作品屬之。

Felipe IV又獨具慧眼，把西班牙黃金時代最偉大的畫家Velázquez邀請入宮。因此普拉多美術館中才會有許多Velázquez的作品，例如《布雷達的投降》(La Rendición de Breda)、《皇家的畫像》（又名侍女圖）(Las meninas)、《阿拉克妮的寓言》(Las hilanderas)等一系列的宮廷肖像畫。Felipe IV為了增加皇室的收藏，還曾兩度派遣Velázquez前往義大利，當時購得的作品包括幾幅丁多列托取材於舊約聖經的作品，以及維隆尼斯的《維納斯與美少年》(Venus y Adanis)等。

同時代的另一個偉大畫家魯本斯，亦與Felipe IV有所接觸，他曾身負外交使命，兩度在馬德里停留。因此普拉多美術館中也有許多魯本斯的作品，例如《東方三博士的膜拜》(Adoración de los Reyes Magos)、《愛園》(El jardín de amor)、《三美神》(Las Tres diosas)、《帕里斯的裁判》、《佩塞斯與安多羅美達》等。

卡洛斯二世時期 ( Carlos II )

然而，從Felipe IV統治的時代起，西班牙在經濟、政治上已經開始走下坡，繼位的Carlos II (1665-1700)的昏庸使情況更為嚴重。

Carlos II雖然有心效法Felipe IV的風範，可惜他既無能力亦缺乏智慧。這時期值得一提的是國際聞名的畫家喬爾達諾(Luca Giordano)曾待在西班牙一段時間，普拉多美術館亦因此收藏好幾件他的作品。

菲利浦五世時期 ( Felipe V )

Felipe V (1700-1746)的妻子依莎貝拉．華尼斯也擁有許多私人的收藏，其中包括雷尼(Guido Reni)的《聖西巴斯善》和幾件古代雕刻，她同時也是Murillo作品的熱心收藏者。Felipe V自己也購入喬凡尼．貝利尼(Giovanni Bellini)的《聖母子和二聖人》。同時夫婦倆又買下義大利畫家馬拉達(Carlo Maratta) 藏品，這項舉措可說是該世紀最大規模的美術收購活動，其中包括拉斐爾的《橡樹下的聖家族》，以及歐拉茲奧(Orazio)、阿爾特米西亞(Artemisia)、 阿爾巴尼(Albani)、卡斯蒂利奧內(Castiglione)和馬拉達的作品。

Felipe V是法皇路易十四的孫子，因此法國趣味也隨著他進入西班牙，這個事實可由館藏中下列幾件作品來證明，例如里各(Hyacinthe Rigaud)的《路易十四像》、凡洛(Louis'Michael van Loo)的《菲利浦五世的家族肖像》和華鐸的兩幅作品等。

卡洛斯三世和卡洛斯四世時期 ( Carlos III y Carlos IV )

及至拿波里和西西里國王Carlos III繼承西班牙王位時，對當代畫家更為關人，例如賈侵托(Corrado Giaquinto)、提也波洛和孟斯等都受邀請到西班來，擔任新皇宮的裝飾工作。同時也開始搜集歷代的作品，例如多美尼奇諾、卡拉契、林布蘭等人都有作品在這個時期納入皇室收藏。

Carlos IV (1788-1808)並沒有特別鍾愛某位畫家，他購入拉斐爾的《樞機主教像》(Retrato de un cardenal)、梅茲(Gabriel Metsu)的《死公雞》，同時也收購了Ribera的《三位一體》、莫拉利斯的《聖殿中的奉獻》、里巴達的《聖方濟各》等西班牙畫家的作品。Carlos IV統治期間，大畫家Goya的出現無疑是文化史上一大要事。和早他一世紀的Velázquez相同，Goya也是一位宮廷畫家，使今日的普拉多美術館得以收藏許多哥雅的油畫、版畫、素描、壁氈草圖等燦爛的作品。

1819年獨立戰爭之後，皇家美術館公開時的收藏來源大約是這樣的；在位的FernandoVII仍舊關心美術館的運作，他購入了塞列索(M.Cerezo)、安特利尼斯(J. Antolinez)、荷雷拉(Herra)等畫家的作品，以及馬西普(Vicente Masip)的三件木板畫、El Greco的《三位一體》等西班牙畫派的作品。Isabel II (1833-1868)，亦買下波希的《乾草車》等作品捐給美術館。再加上從各地離宮和皇宮搬來許多作品，因此美術館館藏遽增也在這一時期，其中包括在某修道院發現的安基利訶作品《天使報喜》。